董氏精于仲景之学，又博采温病各家之精华，长于治寒亦善于治温。

长期以来，伤寒与温病学派，各持己见，争论不休。伤寒之法本六经，重阳气，治在温阳；温病医家宗卫，气、营、血、三焦，顾阴液，治在救阴。各凭己见，每斥彼短。董氏力辟门户之见，告戒弟子：“六经、卫气营血、三焦辨证，乃至脏腑、经络、气血津液等辨证方法，均从不同角度言生理之常，而达病理之变也。法无完法，互为补充，并行而不悖。学者须悉心研习，方能运用自如。若持一偏之见，而弃各家之说，乃自断己臂也。”

董氏治疗外感热病，除采用卫气营血及三焦辨证外，还结合专病而采用伤寒六经辨证之法，熔伤寒温病于一炉，每获良效。如流行性腮腺炎(俗称痄腮)，系时毒侵于少阳经所致。温毒之邪随少阳经脉上行壅于耳际，故在临床自腮部为中心而漫肿，所谓“发颐也”。温毒为阳邪，阳邪化火，火性炎上，故临床所见患儿多发热面赤，腮肿且有灼热感；火性变化迅速，易转为三阳经病变，火盛灼津，胃肠燥实而呈高热口渴汗出，不思饮食，大便秘结等热结肠胃之候，有形积滞引动胃火则见恶心呕吐，热侵小肠则小溲短少色深。温毒火热循三阳经上行头面则头晕头痛面赤，热扰清阳则神昏谵语，胃中浊热上蒸则苔黄厚，若火盛燥实可转变为黄焦苔或黑燥苔并起芒刺。故腮腺炎合并脑膜炎多为少阳阳明时毒合并。而腮腺炎合并睾丸炎多由温之邪侵人少阳经，邪乘下损，巧循少阳经传阴，下注阴器，而成姜丸红肿疼痛，多为单侧，并有的热感；亦可引动肝风，上扰清宫而致抽搐，睡，甚神昏谵语。可见本证属少阳厥阴时合病。应泻肝清热消肿通下。夏枯草(重用)、柴胡、大力子、板蓝根，大黄、甘草、生石膏、枳壳、竹茹等，如有神昏抽搐者再加局方至宝丹半丸或一丸化服。

董氏认为，治疗外感热病每不宜拘泥病名，而应审证求因，随证治之。伤寒伤阳，温病伤阴，扶阳护阴乃其常法。然阴阳互根，病机相移，伤寒护阴温病扶阳乃其变法，医者当通常而达变。《伤寒论》之黄连阿胶汤，清心热而滋肾水，治同温病也；湿温病之“湿胜阳微”，以真武汤温阳利水，法宗《伤寒》也。董氏强调：“《伤寒论》方可治温病，温病方亦可治伤寒，有是证用是方也。寒温虽异，其理则一，辨证论治乃医之本也。”